Początki szkoły w Trzemżalu
Szkoła w Trzemżalu powstała w 1858 roku. Zajęcia odbywały się w drewnianym, krytym strzechą budynku oświatowym położonym ok. 50 m. od obecnej szkoły. Pierwszym kierownikiem szkoły był pan Czajkowski. Pełnił on swoją funkcję przez 24 lata, tj. do 1882 roku. Po nim kierownictwo szkoły objął pan Czechowski, który sprawował funkcję kierownika w latach 1882-1904.
Szkoła niemiecka
W 1901 roku ludność niemiecka wybudowała szkołę dla swoich dzieci, która obecnie służy jako mieszkania dla rodzin nauczycielskich. Polacy dla swoich dzieci oddali szkołę do użytku w 1915 roku. Obecnie w tym budynku znajduje się mieszkanie dyrektora szkoły. W latach 1904-1912 kierownikiem szkoły był pan Kukucki, po nim funkcję tą objął pan Wargoś i pełnił ją do 1928 roku. Następnym kierownikiem szkoły był Edmund Krąkowski, a funkcję tą pełnił aż do rozpoczęcia II wojny światowej.
Okres powojenny
27 lutego 1945 roku odbyło się zebranie rodziców gromady Trzemżal zwołane przez obywatela Romualda Jurgońskiego w szkole poniemieckiej. Dokonano zapisu dzieci podlegających obowiązkowi szkolnemu i postanowiono wspólnie nauczyciel i rodzice dołożyć starań aby braki i zaniedbania u dzieci wynikłe z powodu ponad pięcioletniej niewoli jak najprędzej nadrobić. Kontakt szkoły z domem został szczerze nawiązany. Gmach szkoły polskiej i katolickiej nie został przez okupacyjne lata zniszczony, ani w większym stopniu uszkodzony, co można zawdzięczać temu, że służył on okupantowi na cele szkolne i oświatowe. Pewne, a nawet dość znaczne uszkodzenia w klasie szkolnej i mieszkaniu nauczyciela nastąpiły podczas przemarszu ostatnich wojsk niemieckich i frontowych oddziałów sowieckich. W czasie lat okupacji zniknęło dużo przyborów szkolnych i pomocy naukowych, które po apelu nauczyciela częściowo zwrócono, gdyż po odejściu Niemców Polacy masowo grabili mienie szkolne. 5 marca 1945 roku rozpoczęła się regularna nauka szkolna pod kierunkiem Romualda Jurgońskiego, który otrzymał nominację na stanowisko tymczasowego nauczyciela w Szkole Powszechnej w Trzemżalu od ob. Zawadzkiego – Inspektora Szkolnego w Mogilnie. Do szkoły uczęszczało wtedy 51 uczniów. W szkole katolickiej miejscowy kołodziej pan Kozłowski bezinteresownie wykonywał prace reperacyjno-stolarskie. W przygotowanej do użytku szkole naukę rozpoczęto 4 kwietnia 1945 roku, po dwudniowej przerwie wielkanocnej. 9 maj 1945 rok.
Budowa nowej szkoły
Ważne wydarzenie w historii trzemżalskiej szkoły miało miejsce1 kwietnia 1963 roku. Tego dnia rozpoczęto pomiary pod budowę nowego budynku szkolnego. Wykonawcą tej inwestycji było Przedsiębiorstwo Budownictwa Rolniczego w Mogilnie, a nadzór techniczny objęła Miejska Dyrekcja Budowy Osiedli Robotniczych w Inowrocławiu. Ze względów oszczędnościowych przyjęto typ pawilonowy dla nowej szkoły. Środki finansowe w kwocie 1.520.000zł. na budowę szkoły oraz adaptację starej szkoły na mieszkania nauczycielskie rozłożono na dwa lata. W skład komitetu budowy szkoły weszli: przewodniczący Gminnej Rady Narodowej w Trzemesznie Marian Świderski, dyrektor szkoły Edmund Krąkowski, sołtys Trzemżala Jerzy Kołodziejczak, Rozalia Musiałowska, Romualda Żuk, Apolonia Kinel, Władysław Tarłowski, Leon Nowaczyk oraz Władysław Sobecki. Uroczyste otwarcie nowej szkoły odbyło się 19 lipca 1964 roku. Na uroczystości obecni byli m.in. z-ca przewodniczącego Powiatowej Rady Narodowej w Mogilnie Stanisław Rykowski, sekretarz KP PZPR Alojzy Hanczewski, inspektor szkolny Aleksander Szafarek. Uroczyste przecięcie wstęgi było dziełem Stanisława Rykowskiego. 12 października 1964 roku oddano do użytku dwa wyremontowane mieszkania nauczycielskie w budynku starej szkoły. W dniu 1 września 1968 roku odchodzącego na zasłużoną emeryturę Edmunda Krąkowskiego na stanowisku dyrektora szkoły zastąpił Ludwik Tomaszewski. Pełnił on swą funkcję do 7 stycznia 1975 roku, kiedy to ustąpił ze stanowiska z powodu choroby. Po kilkumiesięcznej chorobie zmarł 27 maja 1975 roku. Po odejściu ze stanowiska Ludwika Tomaszewskiego funkcję tymczasowego dyrektora szkoły pełniła Teresa Organiszczak. Kolejnym dyrektorem szkoły został Mieczysław Chojecki. Pracę na tym stanowisku rozpoczął 21 sierpnia 1976 roku i pełni ją do dnia dzisiejszego z przerwą w okresie 1 listopad 1985 – 30 czerwiec 1990, gdyż został oddelegowany na stanowisko z-cy Inspektora Oświaty i Wychowania w Trzemesznie. W tym okresie dyrektorem szkoły była Danuta Chojecka.
Rozbudowa szkoły
W latach 1990-1991 w szkole prowadzono prace budowlane mające na celu dobudowanie jednej kondygnacji w dotychczasowym budynku szkolnym. Prace budowlane prowadzili: Mirosław Łukomski, A. Piński (murarstwo), Stanisław Tomaszewski, Roman Koperski (prace elektryczne), Waldemar Mszanecki i Wojciech Kinecki (prace hydrauliczne). Inwestycja była finansowana przez Urząd Miasta i Gminy w Trzemesznie, Kuratorium Oświaty i Wychowania w Bydgoszczy, sołectwa obwodu szkolnego, Narodowy Czyn Pomocy Szkole Oddział w Bydgoszczy oraz dobrowolne składki rodziców dzieci uczęszczających do szkoły.
Szkoła dzisiaj
W dniu 1 września 1999 roku w wyniku reformy oświatowej szkoła zmieniła nazwę na Zespół Szkół Szkoła Podstawowa i Gimnazjum w Trzemżalu. Obecna szkoła to: 9 izb lekcyjnych, 10-stanowiskowa pracownia komputerowa, świetlica, kuchnia, pokój nauczycielski oraz sekretariat i pokój dyrektora szkoły. Wokół szkoły jest duże boisko szkolne, „zielona klasa” oraz dużo zieleni. W szkole zatrudnionych jest 19 nauczycieli i 4 pracowników obsługi.
Jesienią 2009 roku wykonano termomodernizację budynku szkolnego, a w 2010 roku wybudowano boisko wielofunkcyjne.
Z dniem 01 września 2011 roku Zespół Szkół - Szkoła Podstawowa i Gimnazjum w Trzemżalu otrzymała imię "Bohaterów Września 1939 roku" nadane Uchwałą Nr XII/67/2011 Rady Miejskiej w Trzemesznie oraz sztandar ufundowany przez sponsora, nauczycieli, pracowników szkoły oraz rodziców.